La ciudad cuenta con preescolar, primaria, secundaria, bachillerato, preparatorias y Universidades, así como escuelas técnicas. Huejutla de Reyes cuenta con gran número de instituciones educativas, según datos estadísticos del INEGI, del año 2000, el municipio cubre los siguientes niveles: cuenta con 169 planteles de educación preescolar, 187 de educación primaria, 33 de educación secundaria, 2 instituciones de profesional medio, y 8 instituciones de bachillerato.
En lo que respecta al nivel superior, cuenta con los siguientes: el Instituto de Ciencias y Estudios Superiores de Huejutla, el Instituto Tecnológico de Huejutla, la Universidad Tecnológica de la Huasteca Hidalguense, el Centro Universitario Vasco de Quiroga, un plantel de la Universidad Pedagógica Nacional, la Escuela Superior de Huejutla de la UAEH y la Universidad Politécnica de Huejutla (UPH). Así mismo cuenta con una Escuela Normal de las Huatecas.
Cuenta con una población escolar de 38,489 alumnos inscritos en todos los niveles escolares.
